Matija Rupnik deluje na področju medicinskih pripomočkov ter področjem razvoja in zakonodaje že vse od začetka kariere. Sodeloval je pri vzpostavitvah sistemov kakovosti skladnih z mednarodnimi zakonodajami ter pri zagotavljanju skladnosti aktivnih medicinskih pripomočkov. Pri proizvajalcih je opravljal naloge integracije sistemov vodenja kakovosti, določanja regulatornih strategij in zagotavljanja skladnosti medicinskih pripomočkov, med drugim tudi izdelavo in vzdrževanje tehničnih map medicinskih pripomočkov. Trenutno deluje kot vodja regulatornih zadev pri proizvajalcu ter kot presojevalec pri SIQ.